الهيكل التنظيمي لمبادرة إعمار الخرطوم يتألف من ثلاثة مستويات. في المستوى العلوي، يشمل الرئيس التنفيذي واللجنة العليا والمجلس الاستشاري. يتبع ذلك المستوى الثاني الذي يتضمن إدارة إدارة المشاريع وإدارة الاستدامة والتحسين والشؤون القانونية والمراجعة الداخلية. أما المستوى الثالث، فيتضمن شؤون القطاعات واللجان وشؤون العضوية والموارد البشرية والشؤون المالية والإدارية والشراكات والتواصل المؤسسي. يهدف هذا الهيكل إلى تحقيق تنظيم فعّال لتنفيذ استراتيجيات المبادرة وضمان التواصل والتنسيق المثالي بين جميع الأقسام والمستويات لتحقيق أهداف مبادرة إعمار الخرطوم بنجاح.